Nazwa Krasnobród wywodzi się od dwu członów: „krasno” – w znaczeniu piękno, uroda oraz „bród” – płytkie miejsce w rzece, przez które można przejść lub przejechać. Pojęcie „krasno” używane było powszechnie przez Słowian jeszcze w czasach starożytnych, a także przez Polaków w średniowieczu. Świadczy to o tym, że miejscowość istniała już w czasach staropolskich. Dokładna data otrzymania praw miejskich nie jest znana. Pierwsze źródła pisane o Krasnobrodzie pochodzą z II połowy XVII w. Na początku lat siedemdziesiątych XVI nadano mu prawa miejskie, które później zostały potwierdzone przez Zygmunta III Wazę. W ramach tych praw miasteczko otrzymało przywilej 6 jarmarków rocznie i tygodniowe targi. Targi te do dziś odbywają się we wtorki. Prawa te zostały jeszcze raz potwierdzone przez króla Augusta III w 1763 roku. W tym czasie w Krasnobrodzie znajdowały się: zespół dworski, czworokątny rynek z magistratem, kościół, cerkiew, synagoga murowana, apteka, kasa pożyczkowo-wkładkowa, oraz cztery ulice: Klasztorna, Józefowska, Ciotuszańska, Hutecka, dwa przedmieścia: Piaski i Nowa Osada.
Dziedzicami Krasnobrodu były następujące rody: Firleje, Leszczyńscy, Lipscy, Zamoyscy, Tarnowscy, Mycewscy, Nortitz-Jackowscy i Fudakowscy. Ostatnim właścicielem był senator II RP Kazimierz Fudakowski. Ich rezydencją był pałac na Podzamku, na bazie, którego funkcjonuje obecnie Sanatorium Rehabilitacyjne dla Dzieci.
W końcu XVI i na początku XVII wieku Krasnobród był jedną ze znaczniejszych miejscowości. Świadczy o tym zorganizowanie tutaj w 1595r, i 1638, 1642, 1647 synodów kalwińskich, na bazie istnienia zboru tego wyznania. Trwający około 100 lat rozwój kalwinizmu w Krasnobrodzie był zarazem okresem największego rozwoju miasta. Zasługą kalwinów było zorganizowanie i prowadzenie szkoły, która stała się jednym z bardziej znanych zakładów oświatowych w Małopolsce. Po upadku kalwinizmu w drugiej połowie XVIIw. zbór kalwiński zamieniono na kościół katolicki.
XVII w był okresem ciągłych wojen prowadzonych przez Rzeczpospolitą. Nie ominęły one także Krasnobrodu. W 1648 roku Kozacy Bohdana Chmielnickiego i Tatarzy Tuhajbeja podeszli pod Zamość niszcząc, rabując i paląc okoliczne miejscowości. Wśród wielu z nich, które w tym czasie uległy zniszczeniu znalazł się i Krasnobród. W drugiej połowie XVII w. na Krasnobród kilkakrotnie najeżdżali Tatarzy niszcząc go bardzo. Podczas jednego z najazdów spłonął Krasnobród, a wraz z nim okazały kościół drewniany wzniesiony z fundacji Marii Kazimiery Zamoyskiej, późniejszej żony Jana III Sobieskiego.
Dopiero w 1672 roku hetman Jan Sobieski przepędził Tatarów. Ten wybitny wódz a później król Polski przebywał w Krasnobrodzie kilka razy. Stąd pisał swoje listy do ukochanej żony Marii Kazimiery. Tutaj też 10 sierpnia 1672r. wydał uniwersał wzywający szlachtę do obrony przed Turkami.
Marysieńka, żona Jana III Sobieskiego w czasie pobytu w Krasnobrodzie odzyskała zdrowie, co przypisała cudownemu uzdrowieniu. To z jej inicjatywy zbudowano najpierw kościół drewniany, a po jego zniszczeniu przez Tatarów kościół murowany istniejący do dzisiaj. Dużą aktywność przejawiali Ojcowie Dominikanie sprowadzeni do Krasnobrodu przez Zamoyskich. Oprócz swojej właściwej działalności utrzymywali oni młyn, browar i karczmę „wszelkiego trunku”.
W wyniku pierwszego rozbioru Polski w 1772 r. Krasnobród wszedł w skład zaboru austriackiego, a w 1809 r. po powiększeniu Księstwa Warszawskiego przez Księcia Józefa Poniatowskiego do departamentu lubelskiego tegoż Księstwa. Były to czasy wpływające bardzo ujemnie na gospodarkę Krasnobrodu i poziom życia jego mieszkańców.
Po Kongresie Wiedeńskim w 1815 roku Krasnobród wszedł w skład obwodu zamojskiego Królestwa Polskiego. Dotrwał tak aż do wybuchu I wojny światowej. Prądy wolnościowe mające miejsce w tym okresie, które swoim zasięgiem objęły większość ziem polskich we władaniu rosyjskim nie ominęły też miasteczka. W czasie powstania listopadowego gromadzili się tutaj powstańcy, z których część wzięła udział w obronie Zamościa, a część została przejęta przez korpus gen. Józefa Dwernickiego.
W 1859 r. Krasnobród przeżył wielki nalot szarańczy, który całkowicie zniszczył okoliczne uprawy.
Szczególnie silnym echem odbiło się powstanie styczniowe, kiedy to 24 marca 1863 r. oddział powstańczy Marcina Lelewela-Borelowskiego, w okolicy istniejącej obecnie kaplicy Św. Rocha, stoczył krwawą bitwę z Moskalami. W wyniku bitwy poległo 42 powstańców, natomiast Moskale stracili kilkakrotnie więcej żołnierzy. Poległym powstańcom na ich mogile społeczeństwo Krasnobrodu w 1930 roku wystawiło pomnik kuty w kamieniu. Przedstawia on orła trzymającego w dziobie rozerwane kajdany. Po upadku powstania, w ramach restrykcji za patriotyczną postawę krasnobrodzian, car odebrał prawa miejskie i dokonał kasaty zakonu Dominikanów. Prawa miejskie przywrócono dopiero 1 stycznia 1995 roku.
W czasie pierwszej wojny światowej dnia 26 czerwca 1915r stoczona została w Krasnobrodzie bitwa Austriaków z Rosjanami. W trakcie jej trwania został zniszczony Krasnobród-Podzamek i umiejscowiona tam rezydencja dziedzica Kazimierza Fudakowskiego. Poległych żołnierzy obu nacji zwycięzcy Austriacy pochowali na miejscowym cmentarzu stawiając na grobach istniejące do dzisiaj żelazne krzyże. Po odejściu Rosjan Krasnobród okupowali Austriacy, prowadząc politykę gospodarczej eksploatacji, która doprowadziła do ogromnej ruiny miasteczka i nędzy mieszkańców.
Głównym zajęciem mieszkańców Krasnobrodu na przestrzeni wieków było rolnictwo, jednak z uwagi na bardzo słabe gleby stało ono na niskim poziomie. Dlatego też duża część zajmowała się rzemiosłem i handlem. Swoje usługi oferowali rzemieślnicy: szewcy, krawcy, piekarze, kramarze, tkacze, blacharze, zduni, murarze, szynkarze. Bardzo licznie osiedlili się tutaj Żydzi zajmujący się głównie handlem. W pewnych okresach było ich więcej niż Polaków. W Krasnobrodzie istniały przez pewien czas fabryki: kafli, gontów, patyczków do zapałek, mebli giętych. Skład narodowościowy mieszkańców Krasnobrodu był zróżnicowany. Aż do II wojny światowej ludność miasteczka składała się mniej więcej po połowie z Polaków i Żydów. Mimo istnienia cerkwi, Rusinów było bardzo mało. Żydzi swój kult religijny oddawali w synagodze, Polacy w kościele katolickim, Rusini w cerkwi.
We wrześniu 1939 roku miały miejsce w Krasnobrodzie i okolicznych miejscowościach dwie bitwy toczone z Niemcami przez tysiące polskich żołnierzy z Armii Lublin, Kraków i Modlin. Bitwy te były jednymi z licznych noszących właściwą nazwę bitwy pod Tomaszowem Lubelskim. Krasnobród w czasie Kampanii Wrześniowej przechodził z rąk do rąk. W obiektach klasztoru zlokalizowano szpital, w którym jednocześnie przebywało około 2000 rannych żołnierzy polskich i niemieckich. Na miejscowym cmentarzu spoczywają ciała 498 poległych polskich żołnierzy. Szeroko znany jest czyn zbrojny kawalerii 25 Pułku Ułanów Wielkopolskich, którzy dnia 23 września w okolicy Kaplicy na Wodzie stoczyli zwycięską bitwę z kawalerią niemiecką, opanowując Krasnobród i umożliwiając innym wojskom przemarsz dalej w kierunku granicy z Rumunią i Węgrami. Była to ostatnia w historii Europy bitwa, podczas której walczyły pomiędzy sobą oddziały kawalerii.
Tragiczna w skutkach była jak na całej Zamojszczyźnie okupacja hitlerowska. Wymordowano wielu mieszkańców. W ramach akcji wysiedleńczej Niemcy pacyfikowali Krasnobród w lutym i marcu 1943r., a 5 lipca wysiedlili większość mieszkańców. Najaktywniej przeciwko akcji wysiedleńczej wystąpiły oddziały Armii Krajowej i Batalionów Chłopskich. Największe bitwy partyzanckie stoczono pod Zaborecznem, Różą, Wojdą i Lasowcami.
Okres powojenny to czas odbudowy ze zniszczeń wojennych. W latach 50-tych powstaje w Krasnobrodzie sanatorium dla dzieci. Lata 70-te XX wieku, to początek dynamicznego rozwoju Krasnobrodu jako ośrodka turystyczno-wypoczynkowego. Przełom wieków XX i XXI to okres intensywnych starań o uzyskanie statusu miejscowości uzdrowiskowej zakończonych uznaniem Krasnobrodu za uzdrowisko.
